山西醫科大學前身是山西醫學傳習所,創建于1919年8月。1921年8月,改為山西醫學專門學校。1928年8月,更名為山西醫學專科學校。1932年1月,組建為私立山西川至醫學專科學校。1940年3月并入山西大學,稱作山西大學醫學專修科。1946年8月,升格為國立山西大學醫學院。1953年9月,獨立建校,更名為山西醫學院。
1996年9月,更名為山西醫科大學。學校是全國第三批、山西省首批博士學位授權單位,全國首批碩士學位授權單位,全國首批學士學位授權單位,教育部首批“卓越醫生教育培養計劃”試點單位,全國開辦七年制臨床醫學專業的25所醫學院校之一,全國首批恢復兒科學本科專業的8所醫學院校之一,國家中西部高校基礎能力建設工程支持高校。